第一,转基因违反自然,因而是有害的。支持派则反驳说,现今的各种庄稼早已不是原始品种,否则人们吃的蔬菜就该跟动物吃的草一样。第二,植物里引入了具有抗除草剂或毒杀害虫功能的基因后,它们所提供的食物对人体是否安全?对这一点,支持派强调,迄今为止并无够资格的研究机构发现转基因食品危害人体健康的证据,但他们对长远的影响还只能作推论,一时难以取得全面的证据以服人。第三,过于勿忙地推广转基因植物是否可能影响农业和生态环境?推广抗除草剂的转基因作物可能助长农民过量使用除草剂,从而使一些非主要作物受到伤害甚至灭绝。很多发展中国家的农民一直把这类非主要作物当作补充食物或作为饲料。美国渔类和野生动物管理署已发现有74种植物品种受除草剂影响而濒临灭绝。